Toto je vo väčšine prípadov spôsobené tým, že adresár obsahuje skryté súbory, ktoré nie sú viditeľné cez klasické nastavenie FTP klienta (napríklad súbor .htaccess). Je teda potrebné si zapnúť zobrazovanie skrytých súborov na FTP (pozor, nie je to to isté ako zobrazovanie skrytých - systémových súborov vo Windows).
U Total Commandera napríklad toto aktivujete nasledovne: menu Sieť '—> FTP - ukázať skryté súbory.