PHP skripty bežia pod iným užívateľom ako je FTP užívateľ. Keďže do adresára, ktorý bol nahraný cez FTP môže štandardne zapisovať iba ten istý používateľ (a na linuxe aj skupina, v ktorej sa nachádza), nemajú skriptovaním právo zápisu. Situáciu možno riešiť nasledovne:
- na Linuxe si nastavíte cez FTP klienta práva aspoň 757 (zápis vlastníkom = FTP užívateľ + zápis ostatnými užívateľmi - v tomto prípade ide o užívateľa, pod ktorým sa spúšťa skript).